Ngày 26 tháng 9 năm 2006, tại khách sạn SaigonTourane, Thành phố Đà Nẵng đã diễn ra buổi họp báo và Lễ bốc thăm xếp lịch thi đấu giải bóng đá U21 Quốc gia - Cúp báo Thanh Niên lần thứ X - 2006. Dưới sự chứng kiến của lãnh đạo Ủy ban Thể dục Thể thao, Liên đoàn bóng đá Việt Nam, Hội đồng Huấn luyện viên, Hội đồng trọng tài quốc gia; lãnh đạo Uỷ ban nhân dân Thành phố Đà Nẵng, các giám sát trọng tài, các trưởng đoàn, đại diện 8 đội bóng và đông đảo cơ quan thông tấn báo chí, lễ bốc thăm xếp lịch thi đấu đã diễn ra theo đúng quy định của BTC giải. Theo đó, Đương kim vô địch U21 Pijico Bình Định và chủ nhà U21 Đà Nẵng được xếp là hạt giống của 2 bảng A & B, 6 đội còn lại đều được bốc thăm chia đều vào 2 bảng theo nguyên tắc cùng khu vực địa lý không chung bảng. Kết quả cụ thể như sau: Bảng A gồm: Đà Nẵng, Hoàng Anh Gia Lai, Cà Mau, Mikado Nam Định; Bảng B gồm: Pijico Bình Định, Huda Huế, Thép Pomina Tiền Giang. Các đội tại mỗi bảng sẽ thi đấu vòng tròn 1 lượt tính điểm, chọn 2 đội nhất nhì tại mỗi bảng vào thi đấu tại Bán Kết[2].